O início de safra combinados com a alta umidade e temperaturas elevadas, tornaram o ambiente propício para doenças fúngicas nos canaviais. Além da conhecida, Ferrugem Alaranjada, que tem feito vítimas em diversas regiões do país, agora retornou do passado, uma doença chamada Curvularia que ataca as folhas, colmos e pode provocar quebra de mais de 40%. Uma das variedades mais suscetíveis da atualidade é a SP81-3250, que ocupar cerca de 12% das áreas canavieiras do Centro-Sul do Brasil.
Em 2010, além da estiagem prolongada, os canaviais também sofreram com a Ferrugem Alaranjada, que se estendeu para a safra atual. É o caso da Usina Cooperval, de Jandaia do Sul (PR) que possui a RB 72 454 em 40% da área cultivada da unidade, uma das variedades mais afetadas com a Ferrugem no país.
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A Ferrugem disseminada pelo ar, chegou a acabar com os canaviais da Autrália na década de 90, e atingiu São Paulo em 2010, que possui 70% das variedades resistentes à praga. Ela afeta as folhas reduzindo a capacidade de fotossíntese, e a produção de sacarose.
