O crescimento de microrganismos bacterianos contaminantes pode ser controlado através de métodos químicos e físicos. Dentre os métodos de eliminação parcial de microrganismos de determinado material ou ambiente, os mais conhecidos são os de desinfecção e antissepsia. Os agentes químicos são utilizados para controlar o crescimento de micróbios, tanto em tecidos vivos como em objetos inanimados.
É bom lembrar o conceito básico de desinfecção e distinguir a diferença existente entre o uso de antibiótico e de produtos desinfetantes, para controlar o microbiota bacteriano contaminante do processo fermentativo. A maioria dos agentes químicos dosados para um efetivo controle microbiológico da fermentação somente reduz a população bacteriana, mesmo por que, na estrutura da planta industrial é difícil esterilizar o caldo a ser fermentado.
Nenhum desinfetante ou antibiótico isolado está apropriado para todas as circunstâncias, devendo-se para tais aplicações conhecermos, e bem, o microbiota bacteriano contaminante, principalmente a sua quantificação.
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A desinfecção limpa, ecologicamente correta, com utilização de produtos microbicidas que não agridem o meio ambiente e que não proporcionam às bactérias desencadearem o fenômeno da resistência aos princípios ativos, tem recebido apoio da OMS — Organização Mundial de Saúde e incorporadas em nossos órgãos fiscalizadores (Anvisa e Mapa). O setor sucroenergético através de fiscalizações destes órgãos terá que se adequar as normas governamentais como já acontece em outros segmentos de industrialização de alimentos.
Desinfecção limpa e ecologicamente correta é um termo utilizado há anos em países desenvolvidos e que estão comprometidos com o meio ambiente e a saúde pública por uma questão de profissionalismo responsável, que trará benefícios ao meio ambiente e aumento significativo do rendimento da fermentação com ganhos de produtividade na fabricação do etanol.
No setor a desinfecção industrial requer o uso destes produtos com ação bactericida com mais critério, ou seja, as dosagens destes produtos devem estar de acordo com o nível da contaminação do processo de fermentação, para que se tenha um bom rendimento fermentativo e que os mesmos não sejam utilizados em dosagens erradas, prevenindo desta forma o aparecimento de bactérias multirresistentes a estes princípios ativos desencadeando desta forma c um problema grave de saúde pública.
